大腸菌ミニプレにはオーバーナイト培養必須か？ - 見習いインフォマティシャンのノート裏

プラスミドDNAを抽出する際には、アルカリ抽出法が最もよく用いられているのではないだろうか。

その歴史や詳しい原理は、生物工学会誌の第89巻で、北陸先端大の高木先生が書かれているので、それを参照していただきたい。

このアルカリ抽出法を行う前段階として、大腸菌を試験管で培養する。

おそらく、大半の人が1晩培養（オーバーナイト）を行っているのではないだろうか。そういう風にプロトコルを教わったので、実際にそうしてきた。

しかし、これまで実験を行ってきたところ、培養6時間で十分であることがわかってきた。前回（https://bioinfo.hateblo.jp/entry/2020/10/11/123045）と同様に、東洋紡のDH5alphaに下記の5種類のプラスミドDNAを導入して、そのミニプレ効率を調べてみた。

１）pETDuet-1

２）pACYCDuet-1

３）pRSFDuet-1

４）pCOLADuet-1

５）pCDFDuet-1

大腸菌は4 mLスケールのLB培地で培養した。温度は37度で、6時間培養。

抽出には、日本ジェネティクスのプラスミドミニキットを使用した。

結果的には、pRSF以外は100 ng/uL前後、pRSFは200 ng/uL程度のプラスミド濃度の溶液を取得できた。

ちなみに、同様にオーバーナイト培養を行っても、得られるプラスミド濃度は変わらなかった。

他にも、プラスミド鎖長10 kbpを越えるプラスミドでも、6時間とオーバーナイトでの差はなかった。

夕方に培養をはじめて翌日にミニプレをしていると、実質は2日を要することになる。しかし、6時間で十分なら、9-15時培養、ミニプレ30分で、そこから次のクローニングにもっていくことなども可能なので、効率は大きく変わると思う。